Der Neubau eines Notfallzentrums ist als zweiter Bauabschnitt vorgesehen. da die baulichen Strukturen der Notaufnahme aktuellen Anforderungen nicht mehr entsprechen und die räumliche Situation der Intensivstationen dringend zu verbessern ist. Das neue Gebäude wird langfristig zu räumlichen und personellen Synergien führen. Im zukünftigen Notfallzentrum soll Raum für die Zentrale Notfallaufnahme, das Institut für Radiologie, Pflege-Intensivmedizin und Allgemeinpflege, der Zentraler OP-Bereich und eine Aufbereitungseinheit für Medizinprodukten (AEMP) entstehen. Der Hubschrauberlandeplatz soll ebenfalls am Neubau verortet werden.

Am Standort Süd entsteht das Eltern-Kind-Zentrum. Zwischen EKiZ und Notfallzentrum bestehen enge bauliche und organisatorische Beziehungen. Die zentrale Radiologie-Abteilung im Notfallzentrum soll so angeordnet sein, dass eine Notfall-CT-Modalität möglichst unmittelbar an den Kinder-Schockraum im EKiZ anschließt. OP-Bereiche sollen gemeinsam betrieben werden, so dass sich personalplanerische und organisatorische Synergien ergeben. Im Rahmen der detaillierten Architekturplanung wird die Anbindung des Notfallzentrums auch an die bestehenden Gebäude entsprechend berücksichtigt.